Neosuite TCMD 中藥化學(xué)數(shù)據(jù)庫
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最后更新：2014-03-04
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生產(chǎn)企業(yè)：創(chuàng)騰科技有限公司
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產(chǎn)品詳細(xì)介紹(Traditional Chinese Medicine Database, NeoSuite)
中藥新產(chǎn)品開發(fā)和現(xiàn)代化研究的綜合信息源，采用國際規(guī)范的信息表達(dá)體系全面定義了中英名稱，化學(xué)結(jié)構(gòu)，各類數(shù)值，生物活性等數(shù)據(jù)。目前該庫收集化合物23,033種（截至2009年），其中8000種成分有藥理數(shù)據(jù)。涉及中藥藥用植物6735種，參考文獻5507篇（截至2005年），200種細(xì)胞水平抗癌模型，包括細(xì)胞因子網(wǎng)絡(luò)調(diào)節(jié)機制抗炎模型，各種抗氧化模型，酶抑制劑模型，NO抑制劑模型等。
產(chǎn)品介紹
中藥化學(xué)數(shù)據(jù)庫(Traditional Chinese Medicines Database，TCMdb2009中文版)是中科院過程工程研究所分子設(shè)計課題組在長期從事藥物設(shè)計方法研究的背景下，對數(shù)據(jù)庫工具的國內(nèi)外需求進行分析，經(jīng)多年努力研制成功的科學(xué)數(shù)據(jù)庫產(chǎn)品，是一個支持新藥研發(fā)和中藥現(xiàn)代化研究的新型工具。
TCMdb2009中文版是一個多學(xué)科交叉的科學(xué)數(shù)據(jù)庫，涉及中藥現(xiàn)代化研究、中藥化學(xué)、藥物化學(xué)、植物化學(xué)、化學(xué)信息學(xué)、中藥藥理學(xué)、分子藥理學(xué)、藥物設(shè)計學(xué)、天然產(chǎn)物研究與開發(fā)、新藥創(chuàng)制、新劑型中藥研發(fā)、新農(nóng)藥及其它農(nóng)用化學(xué)品的研發(fā)等諸多研究及開發(fā)領(lǐng)域。
TCMdb2009中文版中包含了23033種化合物，涉及中藥藥用植物6735種，使用參考文獻5507篇。每種化合物下列12項數(shù)據(jù)：唯一代碼、CAS登錄號、中文名稱、英文名稱、別名、分子式、分子量、二維結(jié)構(gòu)式、植物來源、藥理活性（即藥理模型實驗結(jié)果，近8000多種化合物有此數(shù)據(jù)）、物理化學(xué)性質(zhì)（晶體形態(tài)、熔點、沸點、旋光度等，14000多種化合物有此數(shù)據(jù)）和參考文獻。
產(chǎn)品特點：
• 8000種成分有藥理數(shù)據(jù)：200種細(xì)胞水平抗癌模型；細(xì)胞因子網(wǎng)絡(luò)調(diào)節(jié)機制抗炎模型；各種抗氧化模型；各種酶抑制劑模型；NO抑制劑模型等等。
• 信息表達(dá)體系完整嚴(yán)格：按國際規(guī)范全面定義了中英名稱、化學(xué)結(jié)構(gòu)、各類數(shù)值、生物活性等數(shù)據(jù)結(jié)構(gòu)、層次及格式，使相關(guān)學(xué)科信息表達(dá)和國際接軌。
• 保證數(shù)據(jù)一致性可靠性：采用多種交叉驗證方法保證信息準(zhǔn)確可靠。化合物立體化學(xué)表達(dá)完整，并首次實現(xiàn)了藥理數(shù)據(jù)多層次結(jié)構(gòu)規(guī)范化。
無論您是從中藥設(shè)計新西藥，還是研發(fā)新劑型新中藥，都可以把TCMdb中藥數(shù)據(jù)庫作為一種得力的工具，幫助您以最快速度分析并做出決策，解答任何與中藥有關(guān)的問題：
• 有多少化學(xué)成分做過抗癌實驗，哪些有活性？哪些沒有？IC50值多少？
• 以心血管藥物為研發(fā)目標(biāo)的公司應(yīng)該關(guān)注哪些中藥的研發(fā)動態(tài)？
• 從中藥出發(fā)創(chuàng)制抗高血壓新藥，哪些資源成功希望最大？
• 黃酮類化合物有多少種藥理活性？哪些活性最強？哪些活性譜最廣？
• 中藥傳統(tǒng)藥效有清熱、安神、解表、活血等，對應(yīng)的藥理學(xué)概念是什么？
應(yīng)用實例
從植物檢索化合物
給定一種中藥藥用植物，問該種植物都含有哪些化合物？ 嚴(yán)格的說法是：都有哪些化合物被從該種植物中分離并進行了結(jié)構(gòu)確定？，TCMdb2009中文版數(shù)據(jù)庫能方便地完成這個任務(wù)。以三七為例，單擊菜單欄下方的“Query”按鈕，在query模式下激活“植物來源”域，鍵入“Like “%三七%””時，單擊菜單欄“Search”按鈕，單擊下拉菜單中的“By Form”，系統(tǒng)將擴展地檢出各種三七中含有的全部化合物，包括竹節(jié)三七等。
類別
方式
檢索域
鍵入
命中數(shù)
注解及說明
單項
SBF
植物來源
Like “%人參%”
180
檢出各種人參中含有的全部化合物
單項
SBF
植物來源
Like “%三七%”
156
檢出各種三七中含有的全部化合物，注意包括竹節(jié)三七等
化合物藥理活性數(shù)據(jù)檢索
在全庫的23033種化合物中，7000種化合物有藥理活性數(shù)據(jù)。這是研究QSAR/SAR關(guān)系的珍貴信息。用SBF方式，激活“藥理活性”域后，鍵入“Like “%藥理關(guān)鍵字%””，之后單擊菜單欄“Search”按鈕，單擊下拉菜單中的“By Form”，就得到下表中的結(jié)果。亦可采用QB方式，見下表中中間的三個例子：
類別
方式
檢索域
鍵入
命中數(shù)
注解及說明
單項
SBF
藥理活性
Like "%金黃色葡萄球菌%"
428
428個化合物有抗金黃色葡萄球菌數(shù)據(jù)
單項
SBF
藥理活性
Like "%細(xì)胞毒%"
2519
2519個化合物有體外抗腫瘤數(shù)據(jù)
單項
QB
藥理活性
property12 like "%抗腫瘤%"
638
638個化合物有體內(nèi)抗腫瘤數(shù)據(jù)
單項
QB
藥理活性
property12 like "%抗高血壓%"
219
219個化合物有抗高血壓數(shù)據(jù)
單項
QB
藥理活性
property12 like "%抗腫瘤%" or property12 like "%細(xì)胞毒%"
2916
2916個化合物有體外或體內(nèi)抗癌數(shù)據(jù)
單項
SBF
藥理活性
Like “%抗瘧%”
250, , ,
250個化合物有抗瘧數(shù)據(jù)
注意: 體外抗癌活性在庫中的規(guī)范表達(dá)方式是“細(xì)胞毒”，體內(nèi)抗癌活性在庫中的規(guī)范表達(dá)方式是“抗腫瘤”。觀察化合物生物活性索引中的生物活性規(guī)范表達(dá)方式對于熟練使用數(shù)據(jù)庫是有好處的。
結(jié)構(gòu)檢索
結(jié)構(gòu)及子結(jié)構(gòu)檢索是TCMdb2009中文版特有的功能。這一功能的實現(xiàn)對進行QSAR研究，進而研發(fā)新藥提供了巨大的幫助。這里只舉出最簡單的例子：將黃酮類化合物的特征分子骨架放入SBF方式下的structure檢索域，從庫中檢出包含黃酮骨架的化合物511個。具體命令見2.2節(jié)。用β-D-葡萄糖的分子骨架(含確切的立體化學(xué)信息)提問，得到1455個命中化合物。其它例子見下表：
類別
方式
檢索域
鍵入
命中數(shù)
注解及說明
單項
SBF
二維結(jié)構(gòu)
1099
黃酮類化合物552個
單項
SBF
二維結(jié)構(gòu)
427
二氫黃酮類化合物163個
單項
SBF
二維結(jié)構(gòu)
566
香豆素類化合物295個
單項
SBF
二維結(jié)構(gòu)
79
洋地黃毒強心甙59個
單項
SBF
二維結(jié)構(gòu)
3715
含β-D-葡萄糖化合物1746個
用戶評價
TCMdb中藥數(shù)據(jù)庫2009年新版和科學(xué)出版社近日發(fā)行新書《中藥原植物化學(xué)成分集》基本相同，但文字/數(shù)值/結(jié)構(gòu)復(fù)合型數(shù)據(jù)庫具有任何紙質(zhì)書本不可能具有的強大檢索功能，和《中藥原植物化學(xué)成分集》配合使用，相得益彰，是完美的結(jié)合。國內(nèi)專家對《中藥原植物化學(xué)成分集》一書的評論摘要如下：
“該書為中藥的現(xiàn)代化研究搭建了一個很好的信息平臺，達(dá)到了國際上同類工作的先進水平”（醫(yī)科院藥用植物所肖培根院士）
“該書內(nèi)容豐富，資料完整，反映了國內(nèi)外最新研究成果，對于充分利用我國中藥資源，促進中藥現(xiàn)代化研究，提升我國創(chuàng)新藥物研究水平，具有重要的科學(xué)價值“（中國藥理學(xué)會杜冠華理事長）
“該書為用綜合方法系統(tǒng)研究中藥首次提供了一套兩萬種以上中藥化學(xué)成分的數(shù)據(jù)集合……在理論層面上對臨床實踐有重要參考價值”（中醫(yī)科學(xué)院翁維良首席研究員）
除了該數(shù)據(jù)庫，直接用于受體對接、創(chuàng)建3D藥效團的TCMdb-2009-SCB/MCB單/多構(gòu)象庫也同步發(fā)行。
數(shù)據(jù)收集評價和庫研制：NiceData北京翔實達(dá)特軟件研究開發(fā)中心
軟件開發(fā)及數(shù)據(jù)庫發(fā)行：NeoTrident創(chuàng)騰科技有限公司 |
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